Nejvážnější chorobou rajčat je Plíseň rajčete (
Phytophthora infestans), která v některých letech dokáže úrodu zcela zdecimovat. Stejná houba způsobuje i plíseň na bramborách. Názory odborníku na možnost vzájemného přenosu houby mezi brambory a rajčaty jsou značně rozdílné. Pravděpodobně však kmeny této houby napadající brambory nejsou schopny napadat rajčata a opačně.
